Die bei weitem wichtigste Sammlung, mit der heute fast ausschließlich der Name von Canonici verbunden ist, ist die der handgeschriebenen Codices und der wertvollen oder seltenen gedruckten Bücher, aus denen seine Bibliothek bestand.
Matteo Luigi Canonici wurde am 5. August 1727 als Sohn von Andrea und Margherita Rossi geboren. Noch sehr jung trat er den Jesuiten bei und wurde Studiendirektor im Jesuitenkolleg von Parma. Dank der Beziehungen, die er in seinen Jahren in Parma zu Gelehrten und Wissenschaftlern knüpfte, trat er Bettinellis Nachfolge in der „Accademia degli Scelti“ an, deren Sitz sich im Jesuitenkolleg befand, und schloss Freundschaft mit dem Herzog. Der Name Canonici wird vor allem mit den umfangreichen Sammlungen verbunden, die in unterschiedlichen Momenten entstanden, in verschiedene dokumentarische Richtungen gingen und die er persönlich bei sich zu Hause zusammentrug und pflegte. Zuerst gab es die Sammlung der Statuten und Geschichten aller italienischen Städte und die Münzsammlung. C. erhielt später ein bescheidenes Amt im Kolleg S. Lucia in Bologna, wo er bis zur Aufhebung des Jesuitenordens (1773) blieb und eine ausgewählte Gemäldesammlung der Sakralkunst zusammengetragen hatte. Als Laienpriester ging C. noch 1773 nach Venedig, wo er bis zu seinem Tod Anfang September 1805 seinen festen Wohnsitz hatte. Hier stellte er seine persönliche Bibliothek wieder zusammen, die rund 2000 gedruckte Bücher und über 4000 handgeschriebene Codices umfasste, von denen die meisten aus dem 14. und 15. Jh. stammten, darunter sehr viele mit Miniaturen verzierte Codices der griechischen, lateinischen und italienischen Klassiker, orientalische Werke, Bibeltexte und liturgische Texte und eine umfassende Zahl an Chroniken, Berichten und gemischten Urkunden zur Geschichte Venedigs. Die Handschriften, für die kein Katalog erstellt wurde, gingen fast vollständig in zwei verschiedenen Momenten nach Großbritannien; 1639 bilden heute den Canoniciano Bestand der Bodleian Library in Oxford; von den übrigen gingen nach einer ersten Zerstreuung 829 in die Bibliothek des Kanonikers Walter Sneyd über, die 1903 versteigert wurde. Weitere kamen schließlich in jüngerer Vergangenheit nach Italien und Deutschland zurück, von wo sie wiederum zum Großteil nach Großbritannien und in die USA gebracht wurden; 27 werden heute in öffentlichen Bibliotheken in Florenz aufbewahrt.