Noch vor der Eroberung durch die Langobarden, die die territoriale Kontinuität veränderte, da das Gebiet in Küstenland an der Adria und Hinterland geteilt wurde, war es zu einer Spaltung in der Kirchengemeinschaft zwischen der Reichskirche und den Bischöfen der Kirchenprovinz Aquileia gekommen. Ein Großteil der lateinischen Bischöfe, darunter auch der Bischof von Aquileia, wandte sich in Folge des Erlasses von Justinian von Rom und der Reichskirche ab, da der Erlass 542-43 die Schriften dreier Theologen (Theodor von Mopsuestia, Theodoret von Kyrrhos und Ibas von Edessa) verurteilte, die unter dem Begriff der „drei Kapitel“ zusammengefasst wurden und deren theologischen Beiträge vom vorausgegangenen Konzil von Chalkedon (451) jedoch als orthodox anerkannt worden waren. Auf dem zweiten Konzil von Konstantinopel (553-554) ließ Justinian in dem Versuch, einem Streit zwischen entgegengesetzten theologischen Denkschulen ein Ende zu setzen, die drei Theologen verurteilen, obwohl sie schon gestorben waren. Dem Druck des Kaisers nachgebend, hatte Papst Vigilius nach mehreren Ausweichmanövern am Ende dieser Verurteilung zugestimmt und löste damit die Reaktion einiger der bedeutendsten Kirchen im Westreich aus, darunter auch Aquileia, die sich von Rom abwandten. Die Wahl von Paulinus zum Erzbischof von Aquileia fand in einem Klima hitzigen Widerstandes gegen Konstantinopel statt und stand ganz im Zeichen der Unabhängigkeit der Kirchenlehre gegenüber Rom. Paulinus berief 557 eine Synode der Bischöfe der Kirchenprovinz ein, verkündete gemeinsam mit ihnen die radikale Treue gegenüber dem Konzil von Chalkedon und lehnte die in Konstantinopel getroffenen und von Papst Vigilius anerkannten Entscheidungen ab. Auf den starken Druck, der auf die Kirchenprovinz Aquileia zur Beendigung des Schismas ausgeübt wurde, ist auch die doppelte Patriarchenwahl im Jahr 606 zurückzuführen, die zum Gegensatz zwischen dem Patriarchen von Aquileia auf dem langobardischen Festland und dem Patriarchen von Grado führte, welcher hingegen mit Unterstützung des byzantinischen Heers gewählt wurde. Die Metropoliten von Aquileia setzten die Autokephalie der Kirchenprovinz von Venetia et Histria bis 698 fort, bekräftigt durch den Titel Venetiarum atque Histriae patriarcha, Patriarch von Venetien und Istrien.