Über die christliche Gemeinde von Aquileia ist während der Herrschaft der Nachfolger von Bischof Theodorus, Agapitus und Benedikt bis zur Wahl von Fortunatian, von der Herkunft Afrikaner, nur wenig bekannt; diese erfolgte kurz vor 343 in den stürmischen Zeiten der Arianischen Streits. Von Fortunatian von Aquileia wissen wir, dass er am Konzil teilnahm und sich auf die Seite von Athanasius, dem Verfechter des Glaubensbekenntnisses von Nicäa, stellte. Nach dem Abschluss des Konzils von Serdica kehrte Fortunatian nach Aquileia zurück, wo auch Athanasius wenige Monate später ankam. Hier feierte der alexandrinische Patriarch 345 zusammen mit Fortunatian und in Anwesenheit von Constans, dem Kaiser des Weströmischen Reichs und sein Gönner, das Osterfest. Constans, der unangefochtene Herrscher des Weströmischen Reiches, wandte sich wieder dem Arianismus zu, während die arianischen Bischöfe neue Anklagen gegen Anasthasius vorbrachten. Aus diesem Grund berief Papst Liberius einen neuen allgemeinen Konzil ein, um der stark geschwächten Kirche wieder eine Struktur zu verleihen und im Jahr 353 schickte er Gesandte zu Constans um diesen aufzufordern einen Konzil in Aquileia einzuberufen, einem Zeichen des großen Vertrauens, dass er dem Bischof Fortunatian entgegenbrachte. Das Konzil fand dann unter dem Einfluss von Ursatius und Valens, den Emissären des Arianismus des Weströmischen Reiches, in Arles statt. Anlässlich des Konzils von Mailand im Jahr 355 bestand Constans auf die Verdammung von Athanasius und alle die sich ihm entgegenstellten, wie z.B. Dionysius von Mailand, wurden ins Exil geschickt; Fortunatian dagegen unterschrieb, trotz seines Widerstandes, aufgrund der Drohungen zusammen mit einem Großteil der Bischöfe das Urteil gegen Athanasius. Fortunatian schien gewillt zu sein die Absichten von Kaiser Constans zu unterstützen und einen theologischen Kompromiss einzugehen, um die religiöse Versöhnung zu erreichen. Anscheinend war derselbe Fortunatian später verantwortlich für den Fall von Papst Liberius; gemäß einer Zeugenaussage von Girolamus empfahl er Liberius auf dem Weg ins Exil keinen Widerstand zu leisten. Es scheint auf jeden Fall gewiss zu sein, dass Fortunatian sich später auf die Seite der Gegner von Athanasius stellte und sich mit den Semiarianern (Halb-Arianern) verbündete und so das ihm von Papst Liberius entgegengebrachte Vertrauen enttäuschte.
Abgesehen von den Implikationen bezüglich des arianischen Streits hatte Fortunatian angesichts der Anforderungen der suburbanen und ländlichen Gebiete kurze rustikal formulierte Kommentare verfasst, auf die Girolamus Bezug nimmt und von denen heute leider nur drei Fragmente übrig geblieben sind. Girolamus muss diese Kommentare aber gekannt haben, denn in seiner Einführung zum Evangelium von Matthäus nimmt er Bezug auf die Schriften von Ilarius di Poitiers, Vittorino di Poetovio und Fortunatian und fügt hinzu, dass er «zwar wenig davon übernommen habe, dass man aber durchaus etwas Erinnerungswürdiges darüber schreiben könnte».
Für weitere Informationen wird auf das Stichwort Fortunaziano, vescovo di Aquileia verwiesen, verfasst von Giuseppe Cuscito, in Nuovo Liruti, Dizionario biografico dei Friulani, 1, Il Medioevo, C. Scalon (Hrsg.), Udine, Forum, 2006, 338-343.