Eberhard war Stiftsherr von Augsburg; er trug denselben Namen des ersten Bischofs von Bamberg (1007-1040) und eines anderen Bischofs von Augsburg (1029-1047), die wahrscheinlich seine Verwandten waren. 1045 wurde er zum Patriarchen von Aquileia ernannt und blieb bis zu seinem Tod (13. November 1048) in diesem Amt. Aufgrund der Beziehungen zu den Bischöfen von Istrien währte zwischen dem Patriarchat von Aquileia und dem Patriarchen von Grado ein langandauernder Konflikt, den letztendlich Papst Leo IX. zugunsten von Grado entschied.