La raccolta di gran lunga più importante, alla quale è oggi quasi esclusivamente legata la memoria del C., è quella dei codici manoscritti e dei libri a stampa preziosi o rari che costituirono la sua biblioteca.
Matteo Luigi Canonici nacque a Venezia il 5 agosto 1727 da Andrea e da Margherita Rossi. Entrato giovanissimo nella Compagnia di Gesù, divenne direttore degli studi nel convitto dei nobili di Parma. Le relazioni che strinse in questi anni a Parma con uomini di grande erudizione e cultura gli valsero la successione al Bettinelli nell’Accademia degli Scelti, che aveva sede nello stesso convitto dei nobili, e l’amicizia del duca. Il nome del C. è soprattutto legato alle cospicue raccolte che, composte in tempi successivi e orientate in diverse direzioni documentarie, egli andò riunendo presso di sé e a propria esclusiva cura. Prime, in ordine di tempo, quella degli statuti e delle storie di tutte le città italiane e quella numismatica. Il C. ebbe successivamente un modesto incarico nel collegio di S. Lucia a Bologna, dove rimase fino alla soppressione della Compagnia (1773), e dove aveva riunito una scelta collezione di dipinti d’argomento sacro. Divenuto prete secolare, il C. si trasferì nello stesso 1773 a Venezia, dove elesse stabile dimora fino alla morte avvenuta agli inizi di settembre 1805. Qui ricostituì la sua personale biblioteca ricca di circa duemila libri a stampa e di oltre quattromila codici manoscritti, la maggior parte dei secoli XIV e XV, dei quali moltissimi miniati di classici greci, latini e italiani, di opere orientali, di testi biblici e liturgici, e tutta una sezione di cronache, relazioni e miscellanee di documenti spettanti alla storia di Venezia. I manoscritti, dei quali non fu mai compilato un catalogo, trasmigrarono quasi al completo, in due riprese, verso la Gran Bretagna; 1639 formano ora il fondo Canoniciano della Bodleian Library di Oxford; dei rimanenti, dopo una prima dispersione, 829 passarono nella biblioteca del canonico Walter Sneyd, che andò all’asta nel 1903. Alcuni infine, tornarono più recentemente in Italia e in Germania, donde in gran parte partirono alla volta della Gran Bretagna e degli Stati Uniti; ventisette, ora conservati in biblioteche pubbliche fiorentine.