Nel 606 a Grado vengono eletti due patriarchi, dando inizio a una duplice serie di vescovi. Nel 628 Fortunato I si trasferisce, sotto la protezione longobarda, a Cormòns.
La duplice elezione avvenuta nel 606 a Grado – sede lagunare della Chiesa Aquileiese – ad opera delle due fazioni che si contrapponevano a favore o contro lo scisma tricapitolino, oltre a dare inizio a una duplice serie di vescovi, comportò anche che gli aquileiesi si trasferissero di nuovo sul continente sotto la protezione longobarda. La Cronica de singulis patriarchis nove Aquileie (sec. XI) attesta che il patriarca Fortunato I, avanti il febbraio 628, da Grado era riparato a Cormòns in territorio longobardo non lontano da Forum Iulii capitale del ducato. Per centocinquant’anni il fortilizio collinare di Cormòns rimase la sede residenziale dei patriarchi di Aquileia. Nel sistema difensivo, infatti, il colle di Cormòns era il fulcro delle arimannie centro-orientali, a ridosso del capoluogo longobardo, sul corso dello Judrio, all’incontro tra la strada che conduce al fiume Isonzo e quella che da Aquileia sale a Forum Iulii. Si attuò in tal modo la seconda tappa nel processo di avvicinamento verso il mondo longobardo messo in atto dai patriarchi scismatici, che da allora si spinsero verso il centro del ducato forogiuliese. È il clero scismatico aquileiese a convertire al cattolicesimo calcedonese i longobardi ariani.
Si mantiene aspra la scissione tra i due presuli di tradizione aquileiese, il cattolico di Grado e lo scismatico di Cormòns. Riprova ne è che papa Gregorio II il primo dicembre 723 interviene ammonendo Sereno Foroiuliensium episcopus a non molestare il territorio della Chiesa gradese, travalicando i confini delle terre longobarde. Di ciò vengono informati i vescovi e il popolo della Venetia, perché veglino contro gli sconfinamenti. Il papa accentua la differenza dei titoli dei due presuli: l’episcopus Foroiuliensium, da una parte, e il patriarca Gradensis, dall’altra. Gregorio II conferma inoltre l’autorità della sede gradese anche nei rispetti delle diocesi dell’Istria.
L’aprirsi della crisi iconoclastica fra Roma e Bisanzio trae con sé l’offerta di appoggio al papa del re Liutprando (712-744), nella cui prospettiva l’intesa con Roma diviene uno dei cardini della politica, soprattutto di fronte all’indebolimento della presenza imperiale in Italia. Intanto il duca del Friuli, Pemmone – padre del futuro re Ratchis – prende l’iniziativa di ospitare a Cividale il vescovo di Iulium Carnicum, Fidenzio, fuggito all’invasione degli Slavi, il quale da allora vi trasferisce la sede della sua diocesi. Costituisce di fatto un vescovo ducale, ad onta delle tradizioni canoniche e del parere del patriarca di Aquileia. Della sede episcopale a Cividale sono attestazioni la cattedrale e il battistero in fronte ad essa. La decisione di Pemmone però suscita una grave contesa con il patriarca aquileiese Callisto che è sostenuto da re Liutprando. Il patriarca valuta sconveniente che un suffraganeo si sia insediato nella capitale ducale mentre il metropolita risieda nel piccolo fortilizio di Cormòns. Fa cacciare Amatore, il successore di Fidenzio, e nel 737 si insedia a Cividale. Pemmone non accetta la risoluzione del patriarca e procede contro Callisto, imprigionandolo nel castello di Duino. Nella contesa interviene allora Liutprando, che si adira contro il duca e lo priva del titolo, nominando il maggiore dei figli Ratchis, duca dal 744 al 749. Callisto è patriarca dal 726 al 756, tempo che coincide con l’ultima età longobarda, il periodo più splendido per la città. Il patriarca insieme con Anselmo, duca dal 749 al 751, danno inizio all’epoca d’oro della rinascenza della cultura e delle arti nel capoluogo forogiuliese. Gli interventi di ristrutturazione del palazzo patriarcale, l’edificazione del battistero e gli abbellimenti decorativi sono da Callisto voluti per dare risalto alla nuova sede.