Il suo episcopato è caratterizzato dall’impegno a riottenere il riconoscimento dei diritti di primazia della sede aquileiese su quella di Grado. A lui si deve anche la riparazione di diversi edifici religiosi andati in rovina, fra cui la chiesa di Santo Stefano di Aquileia, e le elargizioni nei confronti del monastero di Santa Maria in Valle di Cividale.
La data della nascita di Goteboldo è sconosciuta e l’unica notizia che si ha sulla sua vita prima dell’elezione a patriarca di Aquileia, avvenuta nel 1049, è fornita dal cronista Erimanno, il quale riferisce che in quella data egli era “prepositus Nemetensis”. Goteboldo assunse la carica di patriarca in un periodo in cui le plurisecolari tensioni con il patriarcato di Grado e il Ducato di Venezia si erano riaccese in modo estremamente aspro. Pur non arrivando agli eccessi del predecessore Poppone, Goteboldo proseguì una politica di opposizione nei confronti delle istituzioni ecclesiastiche veneziane, senza che le sue azioni fossero tuttavia coronate da successo. Nel 1053 in un concilio tenutosi a Roma, papa Leone IX promulgò una sentenza in base alla quale Grado, definita “Nova Aquileia”, doveva essere considerata per sempre “caput et metropolis” della provincia ecclesiastica della “Venetia et Histria”, mentre il patriarca aquileiese, definito “Forojuliensis episcopus”, doveva limitarsi a esercitare la sua autorità sulla terraferma. A nulla valse la conferma dei privilegi su Grado ottenuta dall’imperatore Enrico IV nel 1062. Nel 1064, infatti, in occasione del concilio di Mantova, che riconobbe definitivamente papa Alessandro II contro Onorio II (Cadalo), che era stato sostenuto dalla corte tedesca e dal patriarca, Alessandro II rinnovò la dignità patriarcale al patriarca di Grado Domenico. Questa ulteriore umiliazione da parte papale fu però risparmiata a Goteboldo, che era morto nel 1063.