Ancor prima della conquista longobarda, che alterò la continuità del territorio, diviso tra la parte adriatica e quella del retroterra, si era creata una lacerazione nella comunione ecclesiale tra la Chiesa imperiale e le Chiese della provincia metropolitica di Aquileia. Gran parte dell’episcopato latino, tra cui quello di Aquileia, ruppe la comunione con Roma e la Chiesa imperiale a seguito dell’editto di Giustiniano che nel 542-43 aveva condannato i testi di tre autori (Teodoro di Mopsuestia, Teodoreto di Ciro e Iba di Edessa), sintetizzati con il termine di Tre Capitoli, i cui apporti teologici erano stati invece riconosciuti come ortodossi dal precedente concilio di Calcedonia (451). Giustiniano al concilio di Costantinopoli II (553-554), nel tentativo di porre fine a una disputa tra opposte scuole teologiche, fece condannare i tre teologi, benché già defunti. Pressato dall’imperatore lo stesso papa Vigilio, dopo varie tergiversazioni, aveva alla fine acconsentito a questa condanna, provocando la reazione di alcune tra le più importanti Chiese d’Occidente, fra cui Aquileia, che si staccarono da Roma. L’elezione di Paolo alla cattedra aquileiese avvenne in un clima di accesa opposizione anticostantinopolitana e di indipendenza dottrinale nei confronti di Roma. Paolo convocò nel 557 un sinodo dei vescovi provinciali, e insieme con loro proclamò la radicale fedeltà al concilio di Calcedonia, rifiutando le decisioni prese a Costantinopoli e ratificate da papa Vigilio. Alle pressioni violente fatte sulla Chiesa aquileiese per porre fine allo scisma si deve anche la duplice elezione patriarcale del 606, che portò alla contrapposizione tra il patriarca di Aquileia in terraferma longobarda e il patriarca di Grado eletto con il sostegno dell’esercito bizantino. I metropoliti aquileiesi protrassero per oltre un secolo l’autocefalia della provincia ecclesiale della Venetia et Histria fino al 698, corroborati dal titolo di Venetiarum atque Histriae patriarcha, patriarca delle Venezie e dell’Istria.